主人が認知症ですが遺言書作成する場合、本人の意思は通用するのでしょうか？

ご主人の認知症のレベルによります。

ご主人が認知症だとしても、直ちに遺言書を作成する能力がないとはいえません。「認知症」といっても、その判断能力のレベルは様々だからです。
軽度の認知症などで、遺言書を作成する能力が十分ある場合は、その遺言書は有効です。
他方、あなたと娘さんを間違える、自分のことがわからないなど、日常のコミュニケーションも難しいような場合は「遺言能力がない」として、その遺言書は無効と判断される場合があります。
いずれにしても、「遺言能力」や「判断能力」は、年齢が高くなれば高くなるほどおとろえていくものです。
遺言書を残される場合は、できるだけ早く作成されることをお勧めします。